El origen de Istán debe atribuirse a su torre de alquería, y a un entorno de tierras aptas para el cultivo. La riqueza de sus acuíferos junto a las características de su enclave –un pequeño promontorio sobre los valles de los ríos Verde y Molinos–, así como su proximidad a Marbella, posibilitaron un incipiente asentamiento humano que evolucionó con el paso del tiempo. Su actual término municipal es el resultado de la unión de dos alquerías de características similares: Istán y Arboto, éste al norte, en la confluencia con los términos de Benahavís, Parauta y Ronda.
La defensa del antiguo Reino de Granada formaba un engranaje diseñado a tres niveles: las torres de almenara junto al mar, los castillos y las torres del interior, en cuyo entorno fueron surgiendo pequeños pueblos, denominados alquerías. La retaguardia de Marbella estaría integrada por estos torreones de los cuales, en Istán, aún quedan vestigios del Castillejo, en las estribaciones de Sierra Blanca, la torre de Escalante y la denominada Venta Quemá, en el antiguo camino de herradura que desde Marbella conducía a Ronda. Por su cercanía al despoblado, es conocida asimismo como Caserón de Arboto. Otras torres próximas serían la del cerro del Águila en la vía de Istán a Tolox, el Lastonar en Sierra Blanca, y la atalaya de Nagüeles.
Una vez conquistada la Tierra de Marbella, Istán experimenta un auge demográfico propiciado por la llegada de musulmanes, antiguos vecinos de Marbella y otras alquerías próximas a la costa. Desde los inicios puede hablarse de una difícil convivencia con los castellanos, materializada en la rebelión de Sierra Bermeja en la que Arboto tuvo un papel destacado.
Finalizada la conversión general de 1500, las presiones ejercidas sobre los mudéjares fueron el detonante para el inicio de una marcha subrepticia hacia el Norte de África. Si bien Arboto quedó despoblado, la fuga de los moriscos de Istán fue abortada por las tropas de Marbella cerca de la desembocadura de Río Verde. La consecuencia más destacada fue la expropiación de tierras, que pasaron a formar parte del mayorazgo del tesorero Francisco de Vargas.
Istán fue siempre lugar rico, pues sus tierras eran explotadas con maestría. Desde los viñedos, cuyas pasas se vendían en Marbella para ser exportadas a Flandes, Bretaña e Inglaterra, a los linares en el valle del río Verde, hasta la seda, una manufactura muy especulativa. Su arboleda principal estaba compuesta por castaños, nogales y moreras, éstas vinculadas a la sericultura.
En el año 1568, Francisco Pacheco Manjuz, un morisco de Istán, se encontraba en Granada gestionando la libertad de un sobrino, prisionero de la Inquisición. Contactó con un grupo de moriscos que preparaban la rebelión de las Alpujarras y se comprometió a difundir los postulados revolucionarios por el obispado de Málaga. Asimismo, que Istán se rebelaría la noche de fin de año de 1568.
Entre agosto y diciembre, los istaníes abrieron las antiguas veredas que conducían al Fuerte de Arboto, al que llevaron bagajes y ganados con el fin de permanecer en él durante la revuelta. La noche del 31 de diciembre, siendo ya de madrugada, varios hombres llamaron a la puerta del beneficiado de Istán, Pedro de Escalante, para pedirle que confesara a una moribunda. El bachiller, que habitaba en una torre fortificada a la entrada del pueblo por no tener cada propia, sospechando de las intenciones de aquella gente, se negó a salir. Al amanecer pudo comprobar que los moriscos se habían levantado. Marchó a Marbella para dar cuenta del alzamiento, dejando en la torre a su sobrina Juana con su criada. Las jóvenes fueron sorprendidas por los rebeldes, y consiguieron refugiarse en el primer piso, desde donde iniciaron una resistencia que no finalizó hasta la llegada de las tropas de Marbella.
Los istaníes se refugiaron en el fuerte de Arboto (Plaza Armas), desde donde realizaban incursiones depredatorias por las ciudades cercanas y sus principales vías de comunicación. Felipe II envió al duque de Arcos para reducirlos y, el 20 de septiembre de 1570, asaltaron el fuerte. Durante algo más de tres horas, el ejército castellano luchó contra los moriscos, cuando finalmente accedieron a la cima, sólo encontraron ancianos, mujeres y niños. Los hombres se habían dispersado por la sierra y el río Verde.
A consecuencia de esta insurrección, el rey decretó la deportación de los moriscos hacia el interior de la Península y ofreció sus tierras y casas a cuantas personas, procedentes de fuera del Reino de Granada, quisieran venir a trabajarlas. A cambio deberían comprometerse a residir en el pueblo con su familia durante 25 años.
Es a partir de entonces cuando se inicia el proceso de repoblación con cristianos viejos, que ocuparon las antiguas alquerías moriscas. A Istán se asignaron 52 vecinos de diversos puntos de la geografía peninsular, grupos familiares que configuraron un heterogéneo mosaico de culturas. Uno de aquellos grupos procedía de la huerta murciana y hablaba el “panocho”, una peculiaridad lingüística que influyó para que se aplicara los nativos de Istán este gentilicio.
Con estos pobladores se inicia una nueva etapa, diferente de la anterior, y que puede considerarse el arranque de la sociedad actual.